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近日，中國科學(xué)院計算機網(wǎng)絡(luò)信息中心科研人員借助“東方”超級計算系統(tǒng)，提出了基于Transformer的乳腺癌病理圖像HRD預(yù)測方法——SuRe-Transformer。

該方法解決了將Transformer應(yīng)用于病理圖像分析時存在的三個問題。一是通過徑向衰減稀疏自注意力增強關(guān)鍵區(qū)域Patch的多樣性選擇；二是使用簇大小加權(quán)采樣策略提升特征區(qū)域的代表性捕獲能力；三是引入無監(jiān)督對比學(xué)習(xí)方法優(yōu)化病理圖像特征嵌入質(zhì)量。實驗表明，SuRe-Transformer在多個獨立測試集上的HRD預(yù)測性能優(yōu)于現(xiàn)有主流方法。SuRe-Transformer具有很強的通用性，在TP53、PIK3CA和MAP3K1等多個基因突變預(yù)測任務(wù)中AUC均超過0.844。

相關(guān)研究成果被《npj-腫瘤精準醫(yī)療》（npj Precision Oncology）錄用。研究工作得到國家自然科學(xué)基金和中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項（B類）的支持。

SuRe-Transformer架構(gòu)圖